گفتم اولا وزارت اطلاعات خوب جای پرمسئله‌ایست… سومین دلیل این است که انتخاب من برای چنین وزارتخانه‌ای به لحاظ این‌که برادر من مسئولیت رهبری را برعهده دارد اصلا به نفع من نیست؛ خواهند گفت که مثلا خود رهبری برادرش را در وزارت اطلاعات گذاشته که اصلا چیز خوبی نیست…
به گزارش کاویان گلد، سید هادی خامنه‌ای (۱۳۲۶) برادر رهبری، موسس مجمع نیروهای خط امام و از اعضای مجمع روحانیون مبارز در هفتمین دوره‌ی انتخابات ریاست‌جمهوری از حامیان سید محمد خاتمی بود. پس از پیروزی خاتمی، نام سید هادی برای وزارتخانه‌های ارشاد، کشور و اطلاعات پیشنهاد شد که وی نپذیرفت. به‌تازگی پایگاه اطلاع‌رسانی مرکز اسناد انقلاب اسلامی بخشی از مصاحبه‌ی تصویری با او را که در ۱۸ شهریور ۱۳۸۱ انجام شده و در گنجینه‌ی تاریخ شفاهی این مرکز موجود است، منتشر کرده، که درباره‌ی دلایل نپذیرفتن وزارت در آن دوره می‌گوید. متن این مصاحبه را در پی می‌خوانید:
«بعد که مسئله تمام شد، انتخابات انجام شد و آقای خاتمی هم تنفیذش را گرفت از مجلس و رهبری برای ریاست‌جمهوری، نوبت تعیین وزیر شد ما دیدیم یک عده‌ای از پیش خودشان اسم مرا هم در یکی از وزارتخانه‌ها داده‌اند؛ وزارت ارشاد و وزارت کشور و وزارت اطلاعات، به من گفتند چنین چیزی است گفتم کار بسیار بی‌جایی است. [پرسیدند] چرا موافق نیستید؟ گفتم: به دلایل مختلف، در مورد وزارت اطلاعات به‌خصوص، گفتم اولا وزارت اطلاعات خوب جای پرمسئله‌ایست من نمی‌گویم که قادر به اداره‌ی آن‌جا نیستم چون یک کسانی بودند که آن‌جا اداره کردند و می‌کنند که اصلا شاید قابل مقایسه هم نباشد اما من در مورد مدیریت آن‌جا و کار آن‌جا یک نظراتی دارم که می‌دانم با این نظرات مخالفت خواهد شد، پس من نمی‌توانم بپذیرم. این یک جهت کار… [..] سومین دلیل این است که انتخاب من برای چنین وزارتخانه‌ای به لحاظ این‌که برادر من مسئولیت رهبری را برعهده دارد اصلا به نفع من نیست؛ خواهند گفت که مثلا خود رهبری برادرش را در وزارت اطلاعات گذاشته که اصلا چیز خوبی نیست به هر حال بعدا چک کردیم با ایشان، ایشان هم دقیقا همین نظر را داشتند.