وجود برخی انحرافات در تامین مالی منابع هدفمندسازی یارانه‌ها و استقراض از منابع خزانه‌داری کل و بانک مرکزی باعث ایجاد عدم شفافیت و انضباط مالی شده است. مثلث شرکت گاز، پالایش و پخش و وزارت نفت سه گلوگاه برای انحراف منابع هدفمندی یارانه‌ها بوده‌اند. یک گزارش رسمی از دیوان محاسبات کشور هم مهر تایید بر این مدعا می‌زند.
به گزارش خبرآنلاین، روزنامه هم میهن نوشت: گزارش دیوان محاسبات کشور نشان می‌دهد، وزارت امور اقتصادی و دارایی مبلغ ۹۵/۳ همت به سازمان هدفمندسازی یارانه‌ها شامل؛ ۳۴/۵ همت در سال۱۴۰۲؛ مبلغ ۴۲ همت بابت پرداختی به گندمکاران در سال ۱۴۰۳ و مبلغ ۱۸/۸ همت در سال جاری از محل وجوه امانی در اختیار و سرجمع بودجه عمومی به صورت تنخواه بابت کالابرگ و خرید تضمینی گندم پرداخت کرده است.
همچنین بانک مرکزی نیز، مبلغ ۳۱/۵ همت بابت مطالبات گندمکاران بدون رعایت ضوابط قانونی مندرج در بند و تبصره ۵ قانون بودجه سال ۱۴۰۲ (مکانیزم ریپو) و جزء پنجم ماده ۲۶ قانون الحاق برخی مواد به قانون تنظیم بخشی از مقررات مالی دولت، از حساب پرداخت دستگاه‌های اجرایی برداشت و به حساب سازمان هدفمندی یارانه‌ها کارسازی نموده است؛ ضمن اینکه بانک مرکزی در سال ۱۴۰۲, مبلغ ۴/۴ همت نیز به صورت تنخواه به سازمان هدفمندسازی یارانه‌ها پرداخت نموده است.
این سند رسمی، همچنین نشان می‌دهد که واریز نشدن کامل منابع هدفمندسازی سه دلیل عمده دارد. شایان ذکر است عمده دلایل عدم واریز کامل منابع هدفمندسازی به شرح زیر است: