انتقاد مسیح مهاجری نسبت به مواضع اخیر یادگار امام درباره مهاجران افغان، واکنش‌های متفاوتی به همراه داشت.
به گزارش کاویان گلد، به دنبال نقد صریح و بدون تعارف روزنامه جمهوری اسلامی خطاب به سیدحسن خمینی، عصرایران در یادداشتی نوشت:
هر چند همواره صراحت روزنامۀ جمهوری اسلامی و شخص مدیر مسؤول آن را در موضع گیری‌ها و غالبا به سود مردم ستوده‌ایم اما لحن اخیر در قبال نواده و یادگار رهبر فقید انقلاب در تقبیح مهاجر ستیزی به بهانۀ اخراج اتباع غیر قانونی، قابل نقد جدی است.
نه به خاطر این که چرا شیخ مسیح مهاجری از سید حسن خمینی انتقاد کرده است. یک روحانی ریشه‌دار و هزینه‌داده و جراحت‌دیده در واقعۀ هفتم تیر ۱۳۶۰ و یار و رفیق رهبری و هاشمی و بهشتی از هم‌صنف و هم‌لباس خود ولو نماد خاندان خمینی باشد انتقاد کرده و ما هم کاسه داغ‌تر از آش نیستیم. قرار بر پاسخ باشد خودشان جواب می‌دهند. ماشاءالله هم سر و زبان دارند هم تریبون و هم تسلط بر واژگان.