مجاهد عظیم‌الشأن و برادر بسیار عزیز حضرت حجت‌الاسلام و المسلمین آقای طالقانی از بین ما رفت.
به گزارش کاویان گلد، امام خمینی روز دوشنبه ۱۹ شهریور ۱۳۵۸ در پیام تسلیت به مناسبت درگذشت آیت‌الله طالقانی از ایشان با عنوان «آیت‌الله» یاد نکرد: «مجاهد عظیم‌الشأن و برادر بسیار عزیز حضرت حجت‌الاسلام و المسلمین آقای طالقانی از بین ما رفت».
متن پیام امام که همان روز در روزنامه کیهان منتشر شد به این شرح بود:
انا لله و انا الیه راجعون
فمنهم من قضی و نحبه و منهم من ینتظر
عمر طولانی این عیب را دارد که هر روز عزیزی را از دست می‌دهد و به سوگ شخصی می‌نشیند و در غم برادری فرو می‌رود.
مجاهد عظیم‌الشأن و برادر بسیار عزیز حضرت حجت‌الاسلام و المسلمین آقای طالقانی از بین ما رفت و به ابدیت پیوست و به ملا اعلی با اجداد گرامش محشور شد. برای آن بزرگوار سعادت و راحت و برای ما و امت ما تاسف و تاثر و اندوه.
آقای طالقانی یک عمر در جهاد و روشن‌گری و ارشاد گذراند. او یک شخصیتی بود که از حبس به حبس و از رنجی به رنج دیگر در رفت و آمد بود و هیچ‌گاه در جهاد بزرگ خود سستی و سردی نداشت.
من انتظار نداشتم که بمانم و دوستان عزیز و پرارج خودم را یکی پس از دیگری از دست بدهم. او برای اسلام به منزله حضرت ابوذر بود، زبان گویای او چون شمشیر مالک اشتر بود. بُرنده بود و گوینده. مرگ او زودرس بود و عمر او بابرکت. رحمت خداوند بر پدر بزرگوار او که در راس پرهیزگاران بود و بر روان خودش که بازوی توانای اسلام. من به امت اسلام و ملت ایران و عائله ارجمند و بازماندگان او این ضایعه بزرگ را تسلیت می‌گویم. رحمت بر او بر همه مجاهدان راه حق.
والسلام علی عبادالله الصالحین
روح‌الله الموسوی الخمینی
۱۹ شهریور ۵۸- ۱۸ شوال ۹۹