حاج آقا مصطفی خمینی به شهادت رسیده بود و علائم مسمومیت یکی یکی بر روی پیکرش، خود را نمایان می کرد. می خواستند ایشان را کالبد شکافی کنند اما امام اجازه این کار را نداد.
به گزارش کاویان گلد، سایت جماران در مورد مخالفت حضرت امام خمینی (ره) با کالبدشکافی پیکر فرزندش حاج آقا مصطفی نوشت:
اول آبان ماه سال 56 بود که حاج آقا مصطفی خمینی، فرزند ارشد امام خمینی (س) به طرز مشکوکی به شهادت رسیدند. آنطور که از شواهد بر می آید، ایشان اجازه کالبد شکافی ندادند و فقط به هنگام شنیدن این خبر تلخ، آیه استرجاع بر زبانشان جاری شد. مرحوم آیت الله محمدرضا رحمت در این باره گفته است: