شیخ ابوالقاسم حسین بن روح نوبختی در برابر انحرافات و کفرگویی‌های شلمغانی، این مرتد مردم فریب، احساس مسئولیت سنگینی می‌نمود و بدین جهت در مقابل وی، عکس‌العمل نشان داد و پندارهای وی را باطل اعلام کرد و چون نتیجه‌ای از این نگرفت، کلاً وی را طرد و شیعیان را از پیروی و نزدیکی وی برحذر داشت. تا این که توقیعی از ناحیه مقدسه بیرون آمد و با صراحت تمام، وی را مورد لعن و نفرین قرار داد.
به گزارش پایگاه فکر و فرهنگ مبلغ، بر اساس گزارش های تاریخی، شلمغانی در دوم ذی قعده سال ۳۲۳ قمری به دست خلیفه عباسی به قتل رسید.
بنابر روایت حوزه، «محمد بن علی بن ابی‌عزاقر شلمغانی» در ابتدا از شیعیان امام حسن عسکری (علیه‌السلام) محسوب می‌شد، ولی بعدا از مذهب تشیع خارج شده و عقاید انحرافی و باطلی را بروز داد و در توقیعی مورد لعن امام زمان عج قرار گرفت و توسط حکومت دستگیر شده و پس از مدتی به فتوای علمای شیعه و اهل سنت در سال ۳۲۳ هجری، کشته و سپس سوزانده شد.