مدیریت دانشگاهها و مؤسسات آموزش عالی، پژوهشی و فناوری براساس آیین‌نامه جامعی صورت می‌گیرد که آخرین نسخه آن پس از حدود دو دهه سال 89 بازنگری و ویرایش شد و اسفند همان سال به تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی رسید.
به گزارش خبرآنلاین، روزنامه فرهیختگان نوشت: ماده چهارم این آیین‌نامه درخصوص نحوه انتخاب و انتصاب رؤسای دانشگاه تصریح می‌کند که رئیس هر مؤسسه برحسب مورد از جانب وزیر هریک از وزارتین به شورای عالی انقلاب فرهنگی پیشنهاد خواهد شد که در صورت تأیید شورا، وی با حکم وزیر به مدت چهارسال به انجام وظایف خود خواهد پرداخت. انتصاب مجدد او هم به‌صورت متوالی برای یک دوره اشکالی ندارد.
براساس تبصره‌های ماده چهار، وزرای علوم و بهداشت می‌توانند در فاصله تأیید حکم رئیس پیشنهادی مؤسسه توسط شورای عالی انقلاب فرهنگی، مسئولیت اداره مجموعه را به او بسپارند و حکم سرپرستی برایشان صادر کنند اما این حکم حداکثر 6 ماه انقضا دارد و باید پیش از آن تکلیف سرپرست مشخص یا اداره مجموعه به فرد دیگری سپرده شود.
با این حال به‌نظر می‌رسد تجربه بلاتکلیفی دانشگاهها در دولت یازدهم که به‌واسطه اتفاقات گوناگونی مثل ماجرای معرفی و رأی اعتماد به گزینه‌های معرفی‌شده تصدی وزارتخانه و استیضاح وزیر علوم رقم خورد، بار دیگری درحال تکرار شدن است. دنباله‌دار شدن ماجرای تأیید حکم سرپرستان دانشگاهها در سال‌های آغازین دولت یازدهم موجب تشکیل کمیته‌ای منتخب و تفویض صلاحیت انتخاب رؤسای دانشگاهها و مؤسسات آموزش عالی به آن شد. اتفاقی که اگرچه به‌سرعت تعیین‌تکلیف وضعیت سرپرستان کمک کرد اما در باز کردن گره مدیریت برخی دانشگاهها هم مثل دانشگاه پیام نور یا دانشگاه فرهنگیان که حدود چهارسال (از شهریور 92) با سرپرست اداره می‌شد، هم تأثیر چندانی نداشت.