آقای خویی در اوایل موضع تندتری نسبت به آقای خمینی به شاه داشت و در نامۀ آخر خطاب به شاه فرمودند که اگر دست از این کارهایت بر نداری حکم تکفیر تو را می‌دهم و تو را از دین خارج می‌دانم؛ حال آن‌که آقای خمینی این‌طور با شاه صحبت نکرد…
محمدجواد محمدحسینی: صبح روز یکشنبه ۸ مهر ۱۴۰۳، حضرت آیت‌الله محمد جعفری اراکی پس از تحمل یک دوره بیماری در سن ۹۳ سالگی دار فانی را وداع گفت. ایشان یکی از مجتهدین ساکن تهران بودند و تا زمانی که نسبتاً سلامت بودند، دروس خارج فقه را در مدرسۀ علمیۀ مروی تدریس می‌کردند و نیز امام جماعت مسجد مروی بودند. خصوصیت مهم ایشان سکونت ۳۴ ساله‌شان در نجف اشرف بود؛ آن مرحوم پس از فشار فراوانی که از سوی صدام حسین به ایرانیان ساکن عراق وارد شد، نهایتاً در سال ۱۳۶۵ عراق را ابتدا به مقصد ترکیه ترک کردند و از آنجا به ایران بازگشتند. در طول مدتی که در نجف ساکن بودند، محضر علمای بزرگ آن زمان را درک کردند؛ از جمله: حضرات آیات حکیم، خویی، شاهرودی، امام خمینی و سید جمال گلپایگانی.
پس از مراجعت به ایران نیز به اصرار مرحوم آیت‌الله مهدوی کنی در تهران ماندند و تدریس در مدرسۀ مروی را آغاز کردند و در طول این مدت شاگردان زیادی را پرورش دادند.