در خاطرات مربوط به دوم خرداد سال ۶۸ مرحوم هاشمی رفسنجانی آمده: امام را بیهوش کرده بودند. روی تخت عمل بودند. از تلویزیون مداربسته، جریان عمل را مشاهده می کردیم. بیش از دو ساعت طول کشید. ضمن عمل جراحی خبر از رضایت پزشکان می رسید.
به گزارش کاویان گلد، دردهایی که به جان امام نشسته بود پزشکان را بر آن داشته بود تا معاینات دقیقی انجام دهند. چاره کار را در جراحی ایشان دیده بودند. دوم خرداد ماه سال ۶۸ بود که ایشان را جراحی کردند. ابتدای امر جراحی را موفقیت آمیز دانستند و از مردم خواستند که برای بهبود حال ایشان دست به دعا بر دارند.
بنا به روایت جماران، مرحوم آیت الله هاشمی رفسنجانی در خاطرات روزنوشت خود که به تاریخ دوم خرداد ۶۸ نوشته شده از بیماری امام خمینی یاد کرده اند: اول وقت خواستم با دفتر امام تماس بگیرم که وقت عمل جراحی را بدانم، میّسر نشد. به جلسه علنی رفتم. قبل از جلسه نظرم را در خصوص موافقت با ادغام وزارتخانه های دفاع و سپاه به نمایندگان گفتم. جلسه را افتتاح کردم و به آقای [مهدی] کروبی [نایب رئیس مجلس] سپردم.