حضرت امام خمینی (ره) پس از تحمل دوره‌ای از بیماری قلبی و سرطان معده، سرانجام در شامگاه ۱۳ خرداد ۱۳۶۸ در بیمارستان بقیة‌الله تهران دعوت حق را لبیک گفت و پیکر مطهر ایشان در میان انبوه جمعیت سوگوار در جوار شهدای بهشت زهرا به خاک سپرده شد.
به گزارش پایگاه فکر و فرهنگ مبلغ، حضرت امام راحل در ۱۳ خرداد سال ۱۳۶۸ در ساعت ۲۲ و ۲۰ دقیقه شب با ایست قلبی به ملکوت اعلی پیوست و در نخستین ساعت روز ۱۶ خرداد، میلیونها تن به امامت آیت الله العظمی گلپایگانی (ره) با چشمانی اشکبار بر پیکر امام راحل نماز گزاردند.
بنابر روایت حوزه، مراسم تشییع امام خمینی از مصلی تا مرقد امام خمینی در جنب بهشت زهرا _مزار شهیدان انقلاب اسلامی با احساسات غیر قابل کنترل مردم برگزار شد و پیکر مطهر امام خمینی به خاک سپرده شد.