در شورایعالی فضای مجازی حتی رئیس‌جمهوری نیز جایگاه و اختیارات ویژه‌ای ندارد. مطابق آیین‌نامه شورای عالی فضای مجازی، رئیس‌جمهوری در این شورا همان یک رأی را دارد که یک عضو حقیقی این شورا، یا مثلاً رئیس سازمان تبلیغات دارد.
به گزارش کاویان گلد، روزنامه ایران نوشت:
وقتی فیلترشدن همه سکوهای خارجی در اختیار یا تصمیم وزارت ارتباطات نبوده است، آیا رفع فیلتر آنها می‌تواند در اختیار این وزارتخانه باشد؟ یعنی وقتی شورای عالی امنیت ملی یا شورای امنیت کشور، زیر نظر وزارت کشور، تصمیمی را به این وزارتخانه ابلاغ می‌کنند، این وزارتخانه می‌تواند همان زمان یا سال‌های بعد، برخلاف نظر این «نهادهای فرادستی» تصمیم بگیرد؟